京杭大运河源头，北京通州西海子公园内，一代宗师李卓吾长眠在风光旖旎的葫芦湖北岸，墓碑上“李卓吾先生墓”几个大字遒劲悲壮，乃墓主生前好友、明万历十七年状元焦竑亲笔手书。
通州很少有人不知道李卓吾，但又很少有人真正了解李卓吾，一般人只知道李卓吾是个思想家，因“敢倡乱道”“惑世诬民”等罪名被关进大牢，为反抗迫害，李卓吾以命殉道自刭狱中，最后由通州人马经纶收敛其骸骨，埋葬于通州大运河河畔……
此外在通州还流传着关于李卓吾的一些传说，比如李卓吾和马经纶的交情，李卓吾当年的葬礼等，但对李卓吾的身世、思想及其与北京和通州的渊源，了解却少之又少。李卓吾究竟何许人？他在世时做过什么？究竟说了哪些“敢倡乱道”“惑世诬民”的话，死后又为什么会葬身通州？身后何以被尊为“一代宗师”？诸如此类的问题弄不清楚，到了李卓吾墓前便难免困惑……
李卓吾出生于泉州（今福建晋江），这里是一个天然海港城市，早在公元六世纪，泉州就已经成为中国对外交流的海上通道，盛唐时更发展成中国海上丝绸之路的起点，五代、宋、元，数百年繁荣兴旺。直到明朝初年，朱元璋颁布“禁海令”推行闭关锁国政策，泉州这个繁荣的海港城市才逐渐衰落……到李卓吾出生时，泉州已彻底失去了昔日繁华。生在泉州是李卓吾之幸，但他却生不逢时。
按《清源林李宗谱》记载：“卓吾公生于明嘉靖五年（1526）丙戌农历十月二十六日戌时。”李卓吾在《焚书·卓吾论略》中则自称生于明嘉靖六年（1527），这两种说法相差不过一年，无论哪一个说法准确，李卓吾出生时明朝（1368—1644）已建立半个多世纪，其闭关锁国的“禁海令”越来越严，此时已造成严重后果。曾经作为海港城市的泉州，罹害尤其惨重！不仅城市政治经济地位衰落，而且倭患猖獗，百姓生活在水深火热之中……
谱载李卓吾祖籍河南（汝宁府光州固始县），其远祖林辅唐僖宗时曾任寿州参军，后因避乱迁徙泉州，开始探索出海经商之路……但其一世祖林闾之父原本姓李名衡，可知李卓吾父系先祖并非林氏。林闾所以改姓林，因受林氏外婆家活命之恩，“是以变名而入外妈之林姓。” 以此而论，李卓吾父系先祖李衡之前与林氏无关，但李卓吾与林氏有血缘渊源，李衡之后才林李一家，其后代子孙有人姓林，也有人姓李。李卓吾也曾姓林，“入泮学，册系林载贽，旋改姓李。”（《清源林李宗谱》）
林闾改李姓林，也真就继承和发扬了林氏祖传的经商才能，元朝末年，林闾已成为泉州一带有名的商人，尤擅经营海上贸易，其家资巨富，且有官商背景。林闾之子林弩（李卓吾二世祖）经商足迹更是远至印度、波斯……据《荣山李氏族谱》，明洪武九年（1376），林弩还曾“奉命发舶西洋”，作为官方商业使节，出访西洋各国以协调商贸关系。元朝海上贸易发达，明朝“禁海令”之初，措施也不是特别严厉，禁止民营还允许官营，但此时中国海外贸易已是强弩之末。
正是这次出访，决定了李卓吾的民族属性。《荣山李氏族谱》载，林弩“娶色目人，遂习其俗，终身不革，今子孙蕃衍，犹不去其异教……”从此处言辞判断，其后世子孙有人对林弩“改教”颇并不认同，但也有一些人接受了这一信仰，且后世多与伊斯兰教信仰者通婚，李卓吾近祖当属后者。这一点可从李卓吾许多日常生活习惯中体会出来，比如特别讲究的种种“洁癖”，李卓吾在后来的遗嘱中，所嘱葬仪也多“回式葬制”，据此可以认定李卓吾回族属性，但这只限于日常生活层面，只限于民族属性，因为在他的思想研究中，没有涉及过伊斯兰教教义。
林弩之后李卓吾父系先祖是林仙保、林恭惠等，其祖上家业又维持了几代，林仙葆“习译语”，曾做过“冠带通事”，也还有从商经历；林恭惠亦曾奉命出使日本、琉球，获“钦赐冠带”且“荣及儿曹”，家族事业顽强延续，但因为朝廷不断强化的“禁海令”（甚至“禁民入海捕鱼”《明太祖实录》），这个家族的事业日渐萧条，终于只剩下一个空壳：泉州城曾经赫赫有名的林李家族。
随着家业不断萎缩，传到七世祖李卓吾之父林白斋时，其家道已没落到衣食日用都难以为继了。林白斋只好改弦更张，放弃经商祖业，开始习“子曰诗云”投身科举，这是当时可能重振家业的惟一途径。林白斋虽最终不过秀才名分，总是让李卓吾生在了书香门第，李卓吾幼年虽家境贫寒，但得乃父为师，12岁已开始显露“才华”。
12岁的李卓吾写了一篇《老农老圃论》，反对孔子把种田人看成“小人”，文章文风流畅文思严谨，一时被乡人称赞“白斋公有子矣”（《焚书•卓吾论略》）。李卓吾自称“自幼倔强难化，不信学，不信道，不信仙、释，故见道人则恶，见僧则恶，见道学先生则尤恶。”很多人据此以为李卓吾从小就有反“道统”精神，好像那时的李卓吾已然是“圣人”，这显然夸大其词，事实上在40岁接触王阳明“心学”之前，李卓吾最多算是个有点“愤青”的“读书人”，只不过其“利口能言”，已初露锋芒。
李卓吾的某些天赋来源于血缘传承，那也只是某种可能性基础，其祖先有过那么成功的经商经历，智商自不会低，其父又是个秀才，李卓吾秉承这样的血统，又从小在父亲的教育熏陶下长大，少年时表现出色一些并不奇怪。但性格上的叛逆，按其自述就有点过了，一个孩子成长过程中有点叛逆可以理解，可一个贫寒家境中长大的孩子，怎么会养成如此桀骜不驯的性格呢？这与他的初生环境有关。
有人把儿童表现出的一切都归于天赋，这里存在很大误区，那就是忽视了早期环境对儿童成长的重要影响。儿童从出生就开始接触环境，其少年时表现出的某些天赋，事实上已经受到了早期环境影响，而且这种环境影响越到后来比重越大。一般人对此没有理解，才会把小孩子的一切表现统归为天赋。影响李卓吾的早期环境，说起来无外两个方面：家族小环境和现实大环境。
就家族小环境而言，李卓吾出生在一个曾经风光无限的大家族，这个家族在他出生时又已穷困潦倒，这种落差很容易导致某种心理“失衡”，造成性格“叛逆”。李卓吾出生时，家族衰落的时间并不是很长，从其一世祖林闾算到李卓吾只有八世，不过100多年，彻底败落时间更短，不过几十年。这样短的时间，如此巨大的落差，必然留下许多家族传说，很多传说还可能比较真实，包括先祖远足异域的一些见闻，李卓吾都可能听说过，这对他性格养成乃至思维方向都会产生影响。
西方文艺复兴运动，早在公元14世纪就已经开始，李卓吾近代先祖远涉重洋时，已经是15世纪，必然受到了这些进步思想的影响，他们把这些思想带回家族，对子孙的影响也潜移默化……到李卓吾这里，通过家族血缘遗传，通过家族“神化”传说，或多或少都会留下一些“痕迹”。
再说现实大环境。盛唐时，泉州就已经是海上丝绸之路起点，宋元时，这里更设立了“市舶司”“来远驿”“蕃坊”等对外交流和服务机构，其时很多外国人留住泉州，他们在这里甚至拥有自己专属的街区，据说马可·波罗都曾经留居过这里。来到这里的外国人已经融入这里，他们或经商，或传教，无论在生活方式还是文化思想方面，都对当地产生了深远、深刻的影响。当时摩尼教、婆罗门教、基督教、伊斯兰教等都已传入，伴随宗教的正是许多西方新思想，这里成为中外贸易繁华地，宗教自由港、文化交汇处……
李卓吾出生时，海禁虽已非常严酷，但不少外国人仍然滞留于此，那些已经传入的思想还在继续传播，这种状况当然地影响着李卓吾。这种影响不需要多少具体内容，单是一种思想倾向就已足够，从李卓吾后来的《四海》分析，影响也就是这样。用一种外来思想的新视角审视传统，又面对着由盛而衰的家族现实，李卓吾从小养成“叛逆”性格，出现某些愤世情绪，甚至表现一些批判精神也就不足为奇了。
按照这种性格取向，尽管李卓吾文才出众，在科举路上也是前途渺茫，因为朝廷开科取士，要的只是一些恪守封建思想传统，不“忤逆”礼法的奴隶。但现实却开了个玩笑，李卓吾16岁入府学，二十几岁就中了举人。偶然中的必然是：李卓吾家境贫寒，除了科举无路可走；李卓吾聪明伶俐，而且记忆力惊人。他虽然一开始就对“四书五经”那些陈词滥调不感兴趣，但凭着背诵得滚瓜烂熟的五百篇“八股”范文，居然一考中举。
举人头衔在封建官场中卑如草芥，做官只能垫底而且没什么前途，但李卓吾毕竟可以借此摆脱衣食困境，事实上他一辈子的生活来源，也主要都是靠做官的俸禄。李卓吾虽然一考中举，但此时他家境贫寒，连继续科考的条件都不具备，于是他决计做官，候职期间就以当教书先生养家糊口。
从中举到做官，李卓吾又百般煎熬地等了三年，这煎熬不是求官心切，而是生计艰难衣食困顿。李卓吾自称：这段时间他曾“游食”南北（就是当私塾先生）。这种职业既不稳定又收入微薄，自己都经常饥一顿饱一顿，自然无法养家，他的长子就是这时饿死的，这是让李卓吾不堪回首的一段悲惨记忆。明嘉靖三十四年（1555），李卓吾终于盼来官报：补河南辉县教谕，官从九品。
因为职位卑微，俸禄微薄依然不足养家，李卓吾只能孤身前往。以李卓吾的性格，实在不适合做官，他自述：“为县博士，即与县令、提学触。”（《焚书·感慨生平》）不过在此任上，李卓吾才初为官，不敢太过放肆，又因“苦学”出名，据说得到朝中某大人赏识。嘉靖三十九年（1560）李卓吾迁南京，“以文章擢国子”，官从八品，算是升了一级。可是他在南京国子监博士任上只干了两个多月，就因父丧回乡守制，一回乡又赶上倭寇进犯泉州，直到倭寇退去，守制期满。
明嘉靖四十一年（1562），李卓吾经大运河北上，第一次来到北京，按制他要去礼部报到，等待重新安排官职，这一次他带了妻子儿女。明制“丁忧月与半俸”，李卓吾在家守制期间俸禄减半，又经倭寇之乱，本来就没带来多少盘缠，等待补缺更耗尽了所有积储，只能又一次靠教书度日。“馆复十余月，乃得缺，称国子先生，如旧官。”（《焚书•卓吾论略》）还是从八品，只不过由南京国子监博士，改成了北京国子监博士。
在南京国子监任职不过两三个月，与同僚脸都没混熟，李卓吾还来不及与人“触”，这一到北京，他的老毛病又犯了，“为太学博士，即与祭酒、司业触，如秦，如陈，如潘，如吕，不一而足。”身边的人大概都得罪差不多了。还好，这次任职时间也不长，一年左右时间，他又接到祖父病逝的消息，李卓吾是长房承重孙，按制又一次要回乡丁忧守制。本来就俸禄微薄难以养家，这一次他思虑再三，只能将家小暂时安置到辉县，那里还有他第一次为官时置下的一点产业。
三年守制期满来到辉县，他才知道辉县遭逢旱灾，自己又两个孩子饿死，还好妻子和长女侥幸存活，这也多亏了他在辉县原来结识的一位好友邓石阳资助。李卓吾知之伤心欲绝大病一场，直到嘉靖四十五年（1566）秋，李卓吾第二次回到北京。这一次是吏部通知他出任礼部司务到京，不用候职，但职位是从九品，官阶不升反降。有人因此劝他弃任，李卓吾却很自知，明白自己除了做官外身无长技，不去上任，这一家人吃什么？
好在此时李卓吾三世业缘已了，身边只有妻女二人，官俸少了，负担也轻了，日子过得反不像以前那么捉襟见肘，他甚至有时间、有精力，也有心情可以究研点学问了。要知道求知问道是李卓吾一直孜孜以求的事，但在此之前，他家中多事官场坎坷困于生计，一直没有太多时间和精力做学问。现在好了，皇都北京高人荟萃，文化氛围极其浓厚。李卓吾官虽小也算官场中人，又年已不惑，对生活有比较深刻的感悟，加之他原本就是文人，又一直在学习思考，自然很容易融入文人圈子。
李卓吾惧怕贫穷，但他更看重求知，在人生定位上，财富是基础，但也只是基础，在此基础上有更高的人生追求，生命才有价值和意义。活着的目的不能只为活着，受过饥寒的李卓吾对此更是明白：“贫莫贫于无见识”（《焚书·富莫富于常知足》）。皇都北京文人圈子非常活跃，当时各种集会频繁，有大型讲学，也有小型聚会，李卓吾置身其中如鱼得水。他的性格不适合官场，却适合做学问，学问讲究真知灼见，李卓吾“较真”的性格，用在做学问上事半功倍。
从某种意义上说，李卓吾的思想探索之路，从这一时期才真正开始，在此之前，李卓吾充其量算是个“读书人”，在官场底层挣扎很不得意，还多少有点“愤青”……但在此之后李卓吾逐渐成为一个“学者”，并很快跻身于“文化名人”之列，应该说北京才是李卓吾作为一个思想家的起点。
有点凑巧的是，李卓吾任职礼部司务当年，嘉靖皇帝服丹药致死，第二年穆宗朱载垕即位改隆庆元年（1567），李载贽中的“载”字，犯皇帝讳只能去掉，从此李载贽改名李贽，不久李贽又取“卓吾”为号，李卓吾为后人熟知的两个名字，都是这时才开始取用。改名取号之后，他的人生际遇也随之发生重大转变。
李贽取“卓吾”为号，起因是徐用检、李逢阳二人赞其“卓识”，也正是这两个人，引领李卓吾开始接触王阳明的“心学”，从此李卓吾就成了王阳明“心学”的追随者，并最终成为“心学”泰山学派（心学左派）左派的一代宗师。
嘉靖、隆庆年间，学术界阳明之学大兴，李卓吾先后认识了“阳明心学”的两大信徒徐用检和李逢阳，并就此折服于“王学”：“不幸年普四十，为友人李逢阳、徐用检所诱，告我龙溪先生（王阳明弟子王畿）语，示我阳明先生书，乃知得道真人不死……虽倔强，不得不信之矣。”（《王阳明先生年谱后语》）礼部司务任上五年，李卓吾潜心王阳明“心学”，如醉如痴，心学也从此成为他思想的基础和根本，并被他进一步发扬发展。
王阳明的心学，以“良知”阐释心，以心为标准，以直觉为主宰，其本体接近于混沌哲学的“本能”概念，虽没有明确反儒，但客观上强调了自我的重要性，这与李卓吾已经的认知很合拍；王阳明弟子王艮（字心斋）更把人心之道归结为“百姓日用”，这更触发了李卓吾半生挣扎的切身体验，让他倍感契合。他后来由此还得出一个属于他的著名结论：“穿衣吃饭，即是人伦物理。”（李卓吾《答邓石阳》）对心学的深刻领会和钻研，自此使他站到了时代思想前沿，在学术界开始小有名气。
要说做学问，李卓吾这五年大有长进，但在官场和为人处世上，李卓吾虽有进步却进步有限。任职之初曾有朋友提醒：“子性太窄，常自见过，亦时时见他人过。苟闻道，当自宏阔。”（《焚书•卓吾论略》）李卓吾深以为然，也很是感激，自此还以“宏父”自勉，但现实他却仍常与人争执，自称与“高尚书、殷尚书、王侍郎、万侍郎尽触也”。改是改了，但可能改点有限，很多时候还控制不住自己。面对官场的黑暗残酷，他对自己的仕途很是悲观，有时甚至为性命担忧，一次他对自己的好友孔若谷说：“子知我久，我死请以志嘱。”
但李卓吾的担心是多余的，不仅如此，还有他意想不到的好运气自己找上门来。隆庆五年（1571），李卓吾被任命为南京刑部主事，官正六品。“从九品”到“正六品”，李卓吾官阶一下提高了三个半等级，这是李卓吾做梦也没想到的事！研究李卓吾的史料，大多这样描述他接到任职诏令时的心情：深感官场不由自主，只能听天由命。好像这时的李卓吾对官场得失已毫不动心，这是不合常情的。
李卓吾半生饥寒生活困苦，这一次忽然官升数级有了“丰厚”俸禄，不喜极而泣也会欣喜万分，此时的他远没有超凡脱俗，没可能淡定得无动于衷。不过对于这次越级升迁，李卓吾莫名其妙倒是极有可能，因此也可能更觉得官场无常波诡云谲：自己多与人“触”，官场前景渺茫，何以却得升迁？李卓吾最终想没想明白，不得而知，但这里其实暗藏着一个惊天机密，谜底可参阅拙作《李卓吾与张居正》。
不管李卓吾自己是否解开了这个谜团，接到升职令的李卓吾心情肯定好得很：只要不出意外，衣食无忧是没问题了，那样他也可以更多精力去钻研学问。李卓吾心情好，除此还因为到了南京他就可与知己朋友焦竑重逢，两个人从此可以朝夕相处。以李卓吾的性格，一般地很难和人成为朋友，但正因为这样，一旦遇到知心知己的人，他又必然地极其重视。李卓吾与焦竑在北京相识，一见如故以为“冥契”，李卓吾一生“以友为命”，堪以“为命”的朋友却不多，焦竑就是其中之一，起码李卓吾一直这样认定。
正所谓“春风得意马蹄疾”，李卓吾从北京到南京上任，虽然是经大运河走水路，春风得意的心情是一样的。在学术氛围上，留都南京和北京都是数一数二的。李卓吾到南京已是第二次，这次来他可是有点头脸也有点名气了。在南京李卓吾不仅重聚了知己焦竑，还结识了又一个知己挚友耿定理，知会了当时大儒耿定向（耿定理之兄），更拜会了“王学”泰山学派当时的首领人物王畿、罗汝芳等人。
在北京五年，李卓吾钻研“心学”已有深厚基础，对泰山学派的观点尤其趋同，这一次更深入泰山学派得其核心要旨，其后来的《童心说》，颇受罗汝芳“赤子之心”影响，事实上他正在成为泰山学派又一代表人物。李卓吾一贯主张学在己心，以己心悟学，所以从未拜过师，但在近花甲之年，他竟呼东涯（王畿弟子、王艮仲子王襞）为师，足见其对泰山学派的崇信。
李卓吾再到南京，现实得意、学有所成，不久他便决定在南京讲学，这是他获得学界更大名气的重要一步，虽然这种效果或许并不是他刻意追求。学者讲学的好处在于，其弟子或听讲者会自然产生一种组织效应，这种效应是一种综合，效果不止于简单加和……讲学一开始并不是一帆风顺，但李卓吾辩才出众，又有一定根基，他善以眼前景、日常物比拟，很快听者日众，“喜其便利，趋之若狂。”（顾宪成《当下绎》）在南京刑部任上，李卓吾学术名气越来越大，追随和崇拜者也越来越多。
明制，南京作为留都设置一整套行政建制，名义上是署理南方事务，实际上却近乎虚设没什么实权，李卓吾更是应付差事，大把时间和精力都用在了学术钻研和讲学上，这为他在学问上的精进提供了方便。讲学之外，李卓吾大量阅读书籍，进一步拓宽知识领域，这对他后来融会贯通自成一家，起到了很好的基础作用。这段时期，李卓吾开始接触道家和佛家学说，虽谈不上深入，但比较钟情《老子》。
“自此专治老子”“自托为无为之人”（《焚书·子由解老序》），学问上获得成功、官场境遇也有所改善，又加之对老子的理解，使他这个时期心态相对平和。官场上李卓吾已不再与人“触”，也没什么过激言行，这又为他之后在仕途顺利，以及姚安任上取得一定政绩都奠定了基础。南京任上不久，李卓吾从刑部主事升任刑部员外郎，官从五品，一说李卓吾来南京上任时，即为刑部员外郎兼刑部主事，不管哪种说法准确，李卓吾在南京任上都算一帆风顺。
明万历四年（1576），李卓吾由刑部员外郎升任刑部郎中，官阶从“从五品”变成了“正五品”，又过了一年，即万历五年（1577），又是一道圣旨下，李卓吾再次被擢升为正四品云南姚安知府。从南京刑部郎中到姚安知府，官阶虽然只升一级，但出任的却是拥有实权的地方行政长官，这对于举人出身的李卓吾而言，已算是上上恩典！
李卓吾在官场上一步步顺利升迁，一方面跟他的学术名望有关，一方面也跟他理解老子心态变得平和有关，但更关键的，还是我前面已经提到的那个惊天秘密。李卓吾又一次觉得出乎意外，但这一次他并不那么兴奋，因为姚安是一个遥远偏僻的边陲，在当时人们心目中地野人蛮，几年前还发生过边民造反……
本来在南京的日子过得十分安逸，这一外任虽是升迁却前途未卜还有一定危险，相对于升官，李卓吾又更看重学问，如果让他自主选择，他可能更愿意不去。李卓吾的内心犹豫和踌躇，他的好朋友焦竑自然明白，所以他致函李卓吾的另一好友耿定理，提前为李卓吾安排了一切：李的家眷留置黄安耿府，李卓吾自己去姚安赴任就可以了。这样安排解除了李的后顾之忧，李卓吾当然满意并感激万分。
赴任途中李卓吾按计划携家眷先到湖北黄安，再见耿定理并拜会了其兄耿定向。李卓吾初识耿定向印象很好，热情好客，果然有磊磊君子风度。耿氏一门三兄弟，个个都是当时响当当的人物，长兄耿定向不仅在朝中任职高官，更是当时学界领袖级的人物！耿氏一家人盛情款待李卓吾。把一家老小暂时安置在耿府，李卓吾非常放心，一点意外的变故是，妻子黄氏说什么都要陪他前去姚安，他最后也没能拗过，姚安任上李卓吾身染恶疾，也亏得黄氏在旁精心照料才能大病不死。
在姚安知府任上，李卓吾学以致用，把他已经感悟出的道理，尤其是最新感悟的老子治世思想付诸实践，推行“顺性牖民、无为而治”的做官理念。“一切持简易，任自然，务以德化人，不贾世俗能声。”（吴虞《李卓吾别传》）对待当地彝族民众，他一改明代以来的“剿杀”政策，还为当地百姓做了不少好事、实事，缓解了民族矛盾。他对下属也很宽容，很多地方甚至睁只眼闭只眼，“但有一能，即为贤者，岂容责备？但无人告发，即装聋作哑，何须细问？”（《焚书·感慨平生》）很难想象这种老道深刻的官场“中庸”之语，竟然出自初入官场尽与人“触”的李卓吾之口！
多年官场磨砺，已使李卓吾变得成熟稳重，深究致理的思考，也让他学问更加厚重，姚安任上的李卓吾，事实上已经达到了相当境界。理无定论但具体对错，李卓吾这些为官理念和措施的推广与施行，正好切合了姚安大乱初戡，人民需要休养生息的客观要求，所以李卓吾很快取得了较多政绩。姚安在他任上三年，政治稳定、经济发展，人民安居乐业……以至他辞职离任，有“士民攀辕卧道，车不得发”（《云南通志·姚州志》）的感恩送别。这些政绩不是李卓吾一个人的功劳，但李卓吾的作用不可小觑。
为官一任造福一方，但对于李卓吾而言，经营政绩多少有些不得已，他更关心的还是钻研学问。来姚安上任之时，李卓吾“尽弃交游，独身万里，戚戚无欢”（《焚书·又书使通州诗后》）心情苦闷，又加之水土不服，得了一场大病几乎不治，幸得一高僧诊治才终于转危为安。他因此结识了一位高僧，并得阅《心经》，更因病中感悟生死，对佛学产生了浓厚兴趣，从此深入钻研起佛学来。
在“心学”基础上解读佛学，李卓吾很快就进入状态并学有所成。不过一年半载，他甚至俨然一位佛学大师了。姚安任上他与名僧宝刹往来甚密，为官理念也颇受佛学影响，对佛学深入研究是这个时期他做的主要学问。李卓吾在姚安也曾尝试讲学，但因为与一位同僚观念不同遭到掣肘，无奈只好改为授徒形式。南京时他讲学多以老庄释儒，到姚安后则更多是佛理释儒，甚或干脆直说佛理。
这一时期李卓吾在佛学研究上取得了相当造诣，他以“心学”的逻辑理解佛学，一切从哲学根本切入，很容易实现逻辑自洽，论说起禅理也能高屋建瓴。比如《焚书·念佛问答》记载，一次弟子问：庄子有大智小智之说，念佛也有大智小智之分吗？李卓吾答：天地与我同根，谁是胜我者？万物与我一体，又谁是不如我者？既然，我与天地、万物同根同体，哪还有大智小智之分……这里李卓吾可谓一语切中根本，然后以逻辑自洽，虽然偷换了概念范围内涵，说出来的话也很玄妙。
李卓吾“心学”根本始终没有改变，但因为对佛学的痴迷，这段时期他对儒家和道家都有轻视倾向。李卓吾自嘲钻研佛学之前，他在学问上只是矮子观场，跟着别人喊好而已，学佛之后才赫然开朗：“是余五十岁以前真一犬也，因前犬吠形，亦随而吠之，若问以犬声之故，正好哑然自笑也已；五十以后，大衰欲死，因得友朋劝诲，翻阅贝经（心经），幸于生死之原窥见斑点，乃复研究《学》《庸》要旨，知其宗贯。”（《续焚书·圣教小引》）可见他一度对佛学推崇备至。
自此李卓吾与佛结下了终生缘分，不但论学多引佛理，生活起居也很像佛教中人，因此后来有人呼之“和尚”，李卓吾也欣然应答。不过李卓吾这个和尚可不大规矩，吃肉饮酒虽不肆意也不拘束，因为他根本上还是个儒者。很多史家以为李卓吾一生非儒非孔，是儒家学说的坚决反对者，殊不知他自幼根植于中国传统文化，受儒家思想影响根深蒂固，其本意是要通过非儒非孔重建儒学。
这一点，李卓吾自己可能也不很清楚，他非儒的目的是要重建儒学，他非孔的目的是想取而代之。李卓吾一生都在以道释儒或以佛释儒，所针对的对象物一直没离开儒学，这包括他成为“心学”泰山学派一代宗师本身。李卓吾从小反对儒学，可儒家思想已深入骨髓，是以无论他对道学、佛学如何痴迷，事实上也都是把它们都当成破解儒学的钥匙。不过在姚安任上，李卓吾对佛学也真的非常痴迷，如果没有后来与道学家的激烈争论，李卓吾也可能就此成为一个“世外高人”。
李卓吾在姚安任上虽不是一帆风顺，但为官政绩有目可赌，期满升迁可能性很大，但他却做出了致仕的决定。李卓吾是真的早已厌倦官场倾轧，黑暗残酷的是非之地，可能离开当然离开得越早越好。何况四品致仕俸禄不减，养家糊口已绰绰有余，李卓吾不贪，他明白钱财够用就好。不过做出这样的决定，既和他一贯的性格有关，也和他当时对佛学的痴迷不无关系，但更根本的原因还是他太想究研学问了。
没等到任期届满，李卓吾就跑到上司那里申明致仕，上司有意不准，他便提前三个月挂冠，隐遁山林以表明心迹……这时的李卓吾已有相当名望，他学识渊博交游广泛，不但为官清廉，还作出过一定政绩，在野、在朝都赢得了一定关注和敬重。《明史》耿定向卷有“贽为姚安知府，一旦自去其发，冠服坐堂皇，上官勒令解任”等语，说李卓吾在姚安任上是被解职，这在事件时间上经不起考证，实属污蔑不实之辞。
成功致仕后，李卓吾如飞鸟上天，游鱼入海，他再不用为五斗米折腰官场了。李卓吾的性格本就不适合做官，对他而言，不能畅遂本心是难以忍受的心理煎熬，但为了自己和一家人的生计，他却不得不在官场混迹了二十多年，这个时间已经够长……是以李卓吾主动致仕无疑，而且没有半点作秀成分。
致仕后李卓吾的心情格外好，他尽情遨游山水、遍访滇中名士乐而忘返……李卓吾对妻子黄氏言明，今后要四海为家不再还乡。此时黄安传来消息，耿府老父病故，一者耿氏对李卓吾有托眷之恩，不去吊唁有失礼节，二来那里还有耿定理，知己朋友已多年未见。至于女儿女婿在黄安，对李卓吾来说可能算不上原因，但不管怎么说，李卓吾因此离开云南，一路流连地去向黄安了。
黄安可是个谈学论道极理想的所在，耿家不仅是黄安大户，一门三子还都是人杰，尤其长子耿定向，身为朝廷重臣，且道德学术名震江南。其为人精明务实，接人待物又不失长者风范，重骨肉之情朋友之义，好结交天下名士。当时耿府有待客之馆名“天窝”者，建在幽静野处山坳，却常有名士往来会聚，成为一时有名的学术道场。这种地方当然欢迎李卓吾这样的“名人”，李卓吾也当然喜欢这样的地方。在耿氏兄弟盛情挽留之下，李卓吾高兴地留住“天窝”。可谁都不曾料到，李卓吾一脚踏进“天窝”，“天窝”就成了“是非窝”！当然这已是后话。
李卓吾留住“天窝”，当然是为耿定理，但留住之初，他与耿定向也很“投缘”。李卓吾初到黄安就曾被其热情和高义感动，此次再来，又加上感念三年托眷之恩，因此对耿定向愈加尊敬；耿定向这些年也关注到李卓吾政绩显著、文名日盛，非常敬重礼遇有加，最早动议挽留李卓吾的不是耿定理而是耿定向。这两好换一好，李卓吾遂成了耿府“西宾”，得到了耿家非常精心的安排和照顾。
不过李卓吾与耿定向这种“蜜月”关系，并没有维持太久，两人学术观念上的分歧逐渐显现。耿定向的学问虽然也属“心学”一脉，但他更是一位传统道学的守护者，李卓吾很多观点与之相左，这是两人最终变成“对手”的根本原因。这种分歧首先被耿定向那些门下弟子们发现，周柳塘一次论耿李二人之学，说：“天台（耿定向）重名教，卓吾识机趣。”被耿定理说成“拆篱放犬”，可见二人观念上分歧之大，这种分歧被引向学子人群，哪怕他们自己不争，知道的人也会相互争论。
李卓吾的朋友和追随者，大多也是耿定向的弟子，包括焦竑和周柳塘等，这些人因此分为耿、李两大学派，“两家门徒标榜角立，而耿李分敌国。”（沈鈇《李卓吾传》）这种局面李卓吾泰然，耿定向却肯定恼火，李卓吾无意之中挖了他的“墙脚”，他此时是否后悔留下李卓吾已不得而知。好在有耿定理在两人中间，耿定理在学术上趋同李卓吾，血缘上又是耿定向亲弟弟，有他在两人的论争只限于学术，还可能维持某种表面和谐，起码不可能发生激烈交火，但耿定理却正在这时意外病故！
万历十二年（1584）七月，年仅51岁的耿定理撒手人寰，将他的生死知己李卓吾撇在了“天窝”。李卓吾在黄安的处境一下子尴尬起来，与耿定向的嫌隙已生，生死靠山又轰然倒塌，“天窝”已待不下去……没有了耿定理中间缓和，耿李十年论战就此拉开序幕，双方现实并没有撕破脸皮，但诉诸笔端的火药已经点燃！这种状况下两人已无法现实相处，李卓吾离开“天窝”就成了早晚的事。幸好此时有周柳塘相邀麻城，李卓吾顺水推舟，万历十三年（1585）春，李卓吾恨别“天窝”迁居麻城。
麻城与“天窝”相距不远，黄安、麻城当时统称“黄麻”，耿李二人在此拉开阵势短兵相接，战端从此愈演愈烈。这场论战对李卓吾的影响非常巨大，这种影响不只表现在学术思想上，也表现在他性格的反复与更加偏激上。本来经过二十多年的官场磨砺和学术感悟，李卓吾致仕时已然心态平和与世无争了，但这场论战却激发出他性格激烈的本性，使之回复到了“斗士”状态，而且这一回复更进一步发展到某种极端。比较青年时代的李卓吾，而今的李卓吾当然“战斗力”更强，一是学术上有了相当深厚的底蕴，二是没有了官场束缚也没有了生存上的后顾之忧，纯粹理论争战可以毫无顾忌……
争论必然地导致双方极端，迁居麻城的李卓吾斗志昂扬，他的学术观点在论战中被逼向激烈、极端，言辞也越来越尖刻、犀利……这成就了他在学界的巨大名气。与耿定向的这场论战，对李卓吾而言不幸也幸，不幸者因此失去了平和的心态和安详的晚年，还最终让他惹上了杀身之祸！所幸者因为耿定向当时的学术地位。可与当时的学术领袖一争高下，自然也能与之比肩，何况耿定向根本对付不了李卓吾的尖牙利口，战之能胜更使李卓吾在当时学术界声威大震，并因此有许多著作传世。
平心而论，如果没有这场论战，李卓吾学术上也已堪称“一代大师”，但在中国，这种大师级的人物很多，可能因为默默而埋没，也可能因为著述而在学术界留下姓名，一般也仅仅是留下姓名。李卓吾在“天窝”时已开始著述《藏书》等，他更可能是后一种结果。如是没有后来的威望，也没有后世著述被“禁”的灾难，这里的得失很难计算。不过历史没有如果，如果如果，也就没有了历史的精彩。
耿定向死守孔学并以中庸自居，自然视李卓吾思想为异端，李卓吾就因此更加“异端”起来。针对儒家思想流弊，李卓吾无情地揭露了道学家的虚伪，并因此提出许多标新立异的主张，如“士贵为己，务自适”，强调个体自由和权利，抨击社会压制，其《童心说》更直接主张“解欲纵情”，这些观点与世俗也发生了对抗！李卓吾原本是针对耿定向，但争论中观点不断激化，很快就牵扯到现实社会，变成了对传统社会的激烈批判。
在这次论战之前，李卓吾的思想基本上属于王学“左派”，因为对道学的理解和对佛学的痴迷，这种左的倾向甚至还得到了某些调整，但这次论战开始，他就变成了王学“左派”中的左派。王学以己心为基点思考社会，审视传统本身就内涵了批判，王阳明之后“心学”大兴，也正因为社会发展需要这种动力。以泰山学派为代表的王学左派，已开始了对这种批判的探索（其代表人物何心隐还曾付诸社会实验，组织过类似“公社”的社会团体），发展到李卓吾，这种批判更上升到了理论层面。
李卓吾被很多人认为是中国近代思想的先驱，这种评价恰如其分，但如果没有这场耿李论战，他就可能得不到这样的评价。从这个意义上说，耿定向成就了李卓吾，李卓吾也因此发展了“心学”。但心学发展到李卓吾，也暴露出某些极端，以至受到封建传统和统治者残酷打压。在李卓吾之后，“心学”逐渐转入低潮，明末开始势微，清朝继续受到压制，直到被西方列强打开国门，中国才被迫开始近代的脚步……这些都已是后话。
初到麻城的李卓吾，受到周柳塘等友人的热情款待，其初住“维摩庵”，日常生活平静安宁，但与耿定向在学术上的论战却异常激烈。争论使李卓吾思想上偏激、极端，很多针对耿定向的言论，不知不觉地指向了传统，指向了现实，不仅触犯了当权者利益，也触犯了世俗道德。论战中李卓吾不仅得罪了耿定向，也激怒了一大批卫道者，包括很多恪守传统的世俗中人，这使他越来越处于被动、孤立地位。
不过李卓吾是个勇敢的“斗士”，有着敢与天下人为敌的勇气！他的思想标新立异，又有深厚的学术底蕴，自也不乏追随者，只不过反对和诋毁他的人更多，很多人视之为异端、另类，甚至不敢与之交往，害怕招惹是非。这不能削弱李卓吾的斗志，却使他心境苦闷，性格也变得更加孤僻。
万历十六年（1588）秋，在周柳塘、周友山等友人妥善安排下，李卓吾搬离城区，再迁城外30里的龙湖“芝佛院”，这里环境隽秀幽静，更少世俗搅扰，最适合研究学问。“芝佛院”系周柳塘、周友山等周氏私产，虽有和尚在此出家，却不属正式寺院，李卓吾在此留住同时，受邀主持此处日常事务。自万历十六年至万历二十八年（1588—1600）除几次出行外，李卓吾一直在这里留住，直到“芝佛院”被毁。其间他还主持过寺院扩建，甚至在这里为自己修建了埋骨塔，准备在这里生养死葬。
幽美安宁的环境，也没有削弱李卓吾的斗志，迁居“芝佛院”的李卓吾，除了著书立说继续钻研学问外，与耿定向的论战继续展开，“芝佛院”成了没有硝烟的战场，论战也已经成为李卓吾的生活方式。争论虽然一直维持在学术层面，但发展到激烈时，耿李事实上已撕破脸皮，但二人之间最终没有爆发现实冲突。
很多学者不以为然，认定耿定向曾多次现实地要加害李卓吾，甚至把李卓吾最终的死也归咎于耿定向，这是个历史冤案。事实上耿定向从未动过这个念头，真要动了，李卓吾也肯定早就遭殃了。有此误解，因为现实中有对李卓吾行威胁、迫害之事者，他们或为耿门弟子，或为观点上与耿定向一致者，但这些猜测根本站不住脚。一者耿为当时学界领袖，耿李又曾经一门，李卓吾追随者也多是耿门弟子，以此得不出任何结论；二者耿李论战尽人皆知，笔墨上李卓吾占了上风，现实中却是耿定向支持者更多，其中有打抱不平者也很正常，由此认定受耿指使纯属臆测。
耿李论战李卓吾得罪了很多人，包括一些当权者，也包括不少世俗中人，因此受到现实打压、寻衅在所难免。有人坚持把责任归于耿定向，因为李卓吾也曾那么以为过，但事实上没有任何依据，也根本经不起推敲。以耿定向当时的社会地位和学术威望，这种事他不能做不屑做也不敢做，否则他所受的伤害比“论战”失败还要严重，或者正因为耿定向在黄麻的身份地位，很多人为避其嫌，反而对李卓吾手下留情了也未可知。
李卓吾在论战中不断偏激的思想，也影响了他在现实生活中的态度，受人诋毁更激发了他的“叛逆”性格，因此言行举止也愈加地随性偏颇，甚至“从容于礼法之外”，诸如“剃发”“拒访”“绝友”“授女徒”，等等另类言行不一而足，以至谤声四起，这些才是他招致现实威胁、迫害更直接的原因。留住“芝佛院”不久，黄州府太守就布告要抓他，李卓吾为避风头短时出行辄返。他不仅学术上是“斗士”，现实中也是“战士”，面对威胁和迫害，李卓吾不是不讲策略，但不会轻易退缩。
万历十九年（1591）夏，李卓吾出行武昌，名为送友归乡，多少也有回避现实正面冲突之意，这是他留居“芝佛院”后第一次较长时间出行，想不到刚到武昌出游黄鹤楼时就差点遭逢意外。李卓吾被一群市井流氓纠缠险遭围殴，他把此次意外归咎耿定向，与人信中明里暗里说了这个意思。李卓吾如此猜疑，多少有点“小人之心度君子之腹”。耿定向若要害他，不动用官府反去雇佣流氓无赖？但凡有点脑子就能想得明白，这只能反证离开麻城李卓吾更不安全。
还是李卓吾挚友焦竑看得明白，言省城武昌政治神经敏感，非其久留之地。不过这时的李卓吾已大名鼎鼎，有人诋毁也有人结交。时任湖广布政使刘东星闻李卓吾到了武昌，前往拜访并邀留为座上客，此人堪称李卓吾命里的“贵人”，其后对李也多有现实助益。得到地方长官翼护，李卓吾此后在武昌行旅游学一帆风顺，以至逗留一年多时间，交游论学“声振武昌”（许建平《李卓吾传》）。万历二十一年（1593）春，李卓吾返回麻城“芝佛院”，继续论战和著书立说，特立独行一如既往。
耿定向弟子史旌贤，此时调任湖广佥事，巡武昌道，正好管辖黄麻，又把眼睛盯向了李卓吾，说他“大坏风化”，声言要“以法治之”将其递解回原籍。这一次李卓吾没怕，耿家人倒慌了手脚，极力想促成耿李“握手言和”以化解危机。可见李卓吾之前想多了，耿定向没有现实加害之意。此时耿定向病重，李卓吾势危，此事成功可谓两全其美，尽管这种和解只是形式上的，李卓吾也因此逃过一劫。
耿李论战虽然非常激烈，但一直都维持在学术层面，既使双方撕破脸皮，两家人仍现实地交往密切。李卓吾婿庄纯朴曾在黄安留居多年，感耿定向之恩视之如父，且与耿定向子侄感情深厚；耿定向子侄也大多承教过李卓吾，对自己的老师很是敬重，是以耿李争论，两家人的交情并没有受到影响，这也是耿定向不可能现实加害李卓吾又一个证据。至于李卓吾逮死狱中，已是耿定向死后数年，现实中与耿定向没半点关系。
不过耿李二人“握手言和”，不代表“敌对”者都能放过李卓吾，多年论战中，李卓吾得罪的是一种势力，这种势力在黄麻尤其强大。耿定向代表这种势力，但他没有能力完全控制它，他在时这种势力还顾忌他的面子，不敢加害李卓吾，一旦他不在了，李卓吾的处境反而会更危险，此时的李卓吾已经看明白。耿定向来日无多……恰逢此时，李卓吾接到了刘东星邀请，他父丧丁忧山西老家，邀请李卓吾到上党一聚。
李卓吾决定接受邀请出行山西，这是他第二次较长时间离开“芝佛院”。万历二十四年（1596）夏，李卓吾以七十高龄踏上北行之路，经河南渡黄河直奔上党。李卓吾有没有暂避风头的想法不得而知，但耿定向死时，他正在去上党的路上。此次出行，李卓吾对刘东星有报恩之意，文人报恩最好方式就是教其子弟读书，山西上党一个普通的小山村里，李卓吾度过了一段安宁的日子。教学相长，两处方便；读书问道，究索反思，李卓吾在这里有《明灯道古录》二卷。
耿定向的死讯，李卓吾在此间得知，当时他的心情一定非常复杂。两人曾是朋友，耿定向更对自己有托眷之恩，可是两个人唇枪舌剑十年，这爱恨情仇纠结一处，李卓吾肯定感慨良多……无论按理还是按礼，得知耿定向死，李卓吾都应该写点什么，可究竟写什么？李卓吾一定很是为难：其人已死，不可以再论是非；悼念追思，又显得苍白虚伪……李卓吾终于什么都没有写。
没有人知道李卓吾知道这个消息后究竟想了什么，但十年论战突然没有了对手，他的心里一定更多失落，失落之后也必然反思：激烈论战其时，双方都不冷静，自己的一些言辞是否过分了呢？李卓吾反思了没有和反思的结果不得而知，但他此后的心态开始平和……直到“芝佛院”被毁，直到狱中自刭之前。
闻知耿定向死讯，李卓吾更有一种不祥的预感：耿定向一死，自己在那里的大后方“芝佛院”反更危险……李卓吾此时固然已看淡生死，但现实地他也不想惹什么麻烦，时间可以冲谈很多事情，或者过一段时间事态就可能缓解。在上党，李卓吾又接到大同好友梅国桢邀请，他决定接受邀请经五台山去大同。一路风光让李卓吾心情逐渐放松，此时的他已是名满天下，有人反对也有人尊崇，走到哪里都有人慕名求见，走到哪里也都有朋友款待，留住大同将近半载，李卓吾又决意去北京。
从大同过居庸关直奔北京，李卓吾一行先到了潞县故城庄，在这里他又结识了一位新朋友叫马经纶。
此次来京，一路由耿定向幼弟耿定力安排，李卓吾留住北京西山极乐寺，在这里论学交友参禅著述。他在此结识了当时就已闻名天下的画家董其昌，并与之成为好友，后者将此事记入其《画禅室随笔》卷四《禅说》。天下名流此时大都已知李卓吾大名，故与之交往趋之若鹜，但李卓吾可不是什么人都愿交往，一般人想求见他并不容易。一者李卓吾素有洁癖又自诩高雅，世俗之人自然入不了法眼；二者他是求知问道之人，要读书、思考、著述，客观上也不允许交往过滥。极乐寺中，李卓吾写成《净土诀》三卷。
李卓吾此次来京，原意是奔着焦竑来的，可是他与焦竑并没有约定，他对焦竑的友情非常执着，并不管对方怎么想。此时焦竑正春风得意，他万历十七年（1589）考中状元，被授翰林院修撰、皇长子侍读等职，已是皇室近臣，且此时正任乡试副主考官，仕途顺意官场应接不暇，这个时候他怎么可能有时间招待李卓吾？
李卓吾羁留西山苦待焦竑，但如果没有意外，这次等待真不知有没有结果。然偏在此时焦竑就出了意外！乡试副主考任上，焦竑遭人弹劾，被贬福州同知，地位一落千丈，但因此他却可以和李卓吾在一起了。
万历二十六年（1598）春，李卓吾与焦竑经大运河连舟南下，去向焦竑南京老家，一对挚友又开始了朝夕相处的日子。船上船下他与焦竑学问相长，焦竑出任贬职，他就在南京重拾讲学，焦竑辞官，两个人更是形影不离，这对好友好像又回到了当年。焦竑是李卓吾早已认定的生死朋友，一到南京李卓吾就像回到了自己家，再也不想离开。
焦竑对《周易》颇有研究，很多心得让李卓吾钦佩，李卓吾也从小喜《易》，是以二人朝夕在交流探讨，李卓吾晚著《九正易因》，兴趣正是来自二人重聚之后。南京期间，李卓吾讲学交游，又结交了不少朋友，包括意大利传教士利玛窦，两人甚至有过多次互访，交往非常密切。与利玛窦的交往，让李卓吾更开阔了眼界，如果假以时日，相信李卓吾的思想会更多近代色彩，可惜此时李卓吾垂垂老矣，且随着他与耿定向论战的偃旗息鼓，他的心态已慢慢平和，他的眼光还是更多地回到了传统。
李卓吾和焦竑都是当时学问大家，两位大家聚首一处，天下名流自然争相汇聚，南京学术盛况一时可谓空前。但俗话说“树大招风”，潜在的危机也随之而来，虽然没有生出什么事端，但这一点明眼人都能看出来。尤其焦竑此时正走背字，一旦有事，他也根本回护不了李卓吾。这一点焦竑明白，李卓吾也明白，何况焦竑家境并不富裕，李卓吾长住下去焦竑也供养不起。
不情愿也没办法，李卓吾离开是早晚的事。万历二十七年（1599）春三月，李卓吾再次接受刘东星邀请，出游山东济宁，此时刘东星已出任漕运总督。济宁离南京不远，在南京和麻城之间，多出这样一个“中间站”，或者离开南京，李卓吾就不会太过留恋了。李卓吾在济宁又留住将近一年，正在犹豫归南京还是归麻城时，马经纶突然来访，倒是帮他做出了最终选择。
接连两次交往，李卓吾已看出马经纶是个豪侠汉子，两人在济宁朝夕相处数月，彼此交情也愈加深厚。前在北京初识，马经纶在李卓吾心目中印象未必深刻，否则西山极乐寺不会没有马经纶的身影。这一次交流彼此感情日厚，马经纶返归北京通州，李卓吾居然一直送到直沽，大运河上二人依依难舍……至此，李卓吾又一生死之交笃定。终于分道扬镳，马经纶回返通州，李卓吾归向湖北麻城。
万历二十八年（1600）夏末秋初，李卓吾回到了离别4年之久的“芝佛院”。这里，他为自己修建的“埋骨塔”已经竣工。此次归来，李卓吾正为安排后事，如果不出意外，李卓吾很可能再也不离开了。耿李论战对手已死，事情也已过去数年，李卓吾原以为只要不再招惹是非，“芝佛院”里他可以安度晚年。
然而树欲静而风不止，李卓吾一回到“芝佛院”就感觉到了危机：“敌对”者并没有因为时间而淡忘他。“说法教主”又回来了！风言风语四起，各种谣言又甚嚣尘上，虽多是老调重弹，形势却愈加严峻。李卓吾此时势单力孤，“芝佛院”山水依旧物是人非，周柳塘已经故去，黄麻很多朋友也已不在，论敌耿定向死了，“敌对”势力却更加肆无忌惮！李卓吾寄书友人请求出面讲和，结果却没什么效果。
不久又传出李卓吾“僧尼宣淫”等一些谣言。这件事可以肯定是敌对者的污蔑，事件女主角梅澹然是李卓吾好友梅国桢之女，其年轻貌美却寡居在家，为排遣寂寞居家修佛，因此与李卓吾交流佛学，彼此早有书信往来。两人至多不过“神交知己”，双方可能连面都没有见过，更不可能有污秽之事。这种交往却也被世俗不容，此时更被“敌对”者翻出来中伤李卓吾。据说污蔑者造谣此事，原本是官场倾轧针对梅国桢，但李卓吾也是梅国桢之友，造此谣言正好一石二鸟。
麻城的形势越来越紧，新任湖广按察司佥事冯应京出面了，这个人不久前刚和李卓吾结了梁子。李卓吾前在南京时，此人曾去拜访，李卓吾却没有理会，冯应京“意其慢己，怀恨而去”。在南京他奈何不了李卓吾，但现在李卓吾到了他的地盘，他岂肯善罢甘休！冯遂扬言：“毁龙湖寺，寘从游者法”。县官不如现管，又秀才遇到兵，李卓吾辩解无用，于是“芝佛院”在劫难逃。
万历二十八年（1600）隆冬一日，一群官府衙役冲进“芝佛院”，一把火把好好一座庙宇烧成一片瓦砾！院内众僧也被抓进衙门大牢，还好没有找到李卓吾！李卓吾去哪了？事发前一天他被弟子带出“参禅”了。事情如何这般凑巧？原来那弟子提前一天得到消息，故以参禅为名把李卓吾“骗”出了“芝佛院”。李卓吾被弟子安排出游商城黄蘖山，这里离“芝佛院”近两百里，李卓吾知情后也无可奈何。
李卓吾准备生养死葬的“芝佛院”就这样被毁，李卓吾当然悲愤。他不怕死，但他对抗不了官府，若当时在场也不过被抓，有所奈何也就是把自己搭进去。宿鸟焚巢，李卓吾只能暂时避难黄蘖山延真观。此处还属冯应京势力范围，但非常时期，李卓吾不愿离开这里去投奔朋友，他不想连累别人。
生死已置之度外，黄蘖山中李卓吾竟安静下来，他照样每天研读学问。延真观观主送来一部《道德经》，李卓吾此时一读竟大为震撼。
李卓吾对《道德经》可是早有研究，姚安为官时还曾有所践行，但痴迷佛学后，李卓吾一度轻视老子。没想到因为特殊境遇，此时又读《道德经》，李卓吾却被震撼：老子此人简直深不可测！居左处下淡泊功名，却能无为而无不为……比较起来自己的很多言行是不是过于张扬了？李卓吾自此以老子为镜自鉴，开始发现自身问题。
在李卓吾的思想发展过程中，黄蘖山对《道德经》一悟不可小视，加之此时他对《易》的理解也不断加深，从此李卓吾对很多圣者先贤包括孔子的轻慢也收敛了许多。后在通州时甚至与弟子言：“吾读孔子书，实未心降，今观于《易》而始知不及也。”（汪可受《李温陵外纪》）《道德经》与《周易》很多契合，其《九正易因》中，李卓吾甚至对孔子《十翼》也诸多认同并时有称颂。不过此时的李卓吾已来日无多，便是认识到此前很多观点偏颇，也没可能一一修正了。
“芝佛院”被毁一事很快传到各地，李卓吾的朋友为解救他都在想方设法，远在北京通州的马经纶闻知此事竟拍案而起！知己落难岂能袖手旁观？真是患难见真情，他什么都没有考虑，立即愤然“冒雪三千里”，不顾路遥天寒直下楚地。马经纶将至麻城，得知李卓吾已避居黄蘖山，遂折身前往。
见到马经纶来，李卓吾也是万分惊喜。马经纶果然重情重义，乃燕赵豪侠之士，有他在冯应京也要收敛几分！果然，马到黄蘖山后连写两信，《与湖广冯佥宪》和《与当道书》，两封信就是两篇檄文，冯应京看后再不敢轻举妄动。
马经纶与李卓吾在黄蘖山中研讨《易经》四十余日，见冯应京那里偃旗息鼓，想想也只能见好就收到此为止。是以二月天气一转暖，马经纶便携李卓吾北上通州，通州是马经纶的家乡，在家中看有谁还敢找自己朋友的麻烦。万历二十九年（1601）四月，李卓吾第四次来到北京，留住通州马经纶处。李卓吾求友一生，此时才终于得到了可托生死的朋友。他和马经纶在通州继续研讨学问，对《易》又有了更深刻理解与肯定，其《九正易因》终于在此地完成，这也成了他最后一部著作。
李卓吾在通州的日子过得也还安逸，马经纶对他热情款待照顾周到，生活安宁，交游论学也不乏同道，但这样的日子却只过了不到一年，李卓吾又一次大难临头！说起来直接起因还是李卓吾又“轻慢”了人，他在通州讲《易》时，时任翰林院庶吉士的蔡毅中前来拜访竟然遭拒，于是怂恿其座师都察院礼科给事中张问达上书弹劾李卓吾。
明神宗一看奏折上“李贽”之名，当即批语：“李贽敢倡乱道，惑世诬民，便令厂卫五城严拿治罪。其书籍已刊未刊者，令所在官司尽搜烧毁，不许存留。如有党徒曲庇私藏，该科及各有司访参奏来，并治罪。”一般此类案件，总要查证落实才会拟旨问罪，这次神宗何以不问青红皂白，当时就下令抓人烧书？读过拙作《李卓吾与张居正》者自然明白。
明万历三十年（1602）二月二十二日晚，李卓吾正在通州城内东南角“莲花寺”卧榻抱病读书，径被厂卫拥入抓走。
李卓吾被下狱论罪，马经纶四处传檄求告，但这一次他的对手是当今皇上，马经纶已经无能为力。李卓吾入狱后，并没有被审出多大罪过，看来神宗也不真要杀他。按《大明律·名例律》，“凡年七十以上，十五岁下，及废疾，犯流罪以下收赎……”规定，一般情况下李卓吾已没有死罪，但可能会被“解押回籍”。李卓吾时年七十六或七十七岁高龄，闻此却下定了“宁死不受辱”的决心。
三月十五日，李卓吾在狱中唤人为其剃发，趁其不意夺下剃刀割颈自杀，但因人老力衰伤口不深，“气二日不绝”，直到十六日夜子时气绝身亡。
李卓吾死后，马经纶将其尸体运回通州，按其遗嘱葬之于大运河西岸、通州城北门外马氏庄迎福寺侧。有自“芝佛院”随之而来的侍僧自愿为之守墓，马经纶为其治碑，知友焦竑为其书“李卓吾先生墓”，一代宗师李卓吾自此长眠通州。
关于李卓吾之死，很多人以为必然，因为他的思想触怒了世俗和统治者，但事实上也有一些偶然，以他七十六七岁年纪，避开牢狱之灾寿终正寝不是没有可能，偶然者就是他晚年抉择了通州。
通州乃京畿重地，离皇帝的紫禁城也不足二十公里，政治如此敏感之地，李卓吾怎么可能安身？李卓吾好友、明代著名戏曲家汤显祖《叹卓老》诗中说：“自是精灵爱出家，钵头何必向京华。”一言中的！如果远遁山野，李卓吾或可逃过此劫。
不过生死对此时的李卓吾确实也不那么重要了，老病之身本来就已时日无多，自戕殉道免于凌辱，并可借此反抗迫害警醒世人，这样的选择极端明智。李卓吾属于自杀，但他的选择绝非“短见”，反是一个思想家最后的“生命绝响”。日人吉田松阴评李卓吾《焚书》有这样言论：“世有身死而心死者，有身死而魂存者。心死，生无益也；魂存，亡无损也。”李卓吾之死可不就是后者？
李卓吾逮死狱中，他的著作被朝廷严令禁毁，但为时已晚，他的很多书早已在民间广为流传，因为禁毁，很多人反更想知道，是以李卓吾死后，其书在民间得到更广泛传播，一些书坊老板看到有利可图，甚至雇人伪造假托其名……不过李卓吾的思想始终没有被统治阶级接受，这种禁毁自明而清，李卓吾的著作也只在民间顽强传承，有清一代李卓吾的知名度越来越小，直到清末民初才又引起重视。可是时过境迁，人类思想已经向前发展了，所以人们对李卓吾重新审视，已是一种批判眼光。
后世对李卓吾思想的评价，依然是两种观点针锋相对，赞之者誉之“一代宗师”，说他是中国近代思想启蒙的先驱，甚至把他捧为神圣，认为他是比孔孟更伟大的“圣人”；贬之者说他“狂悖乖戾”，所著俱是“异端邪说”。清代著名学者纪晓岚编纂《四库全书》时甚至说李卓吾“大言欺世”“罪不容诛”：“其书可毁，其名亦不足以污简牍。”民国后，人们对李卓吾的评价渐趋客观，但仍然存在很大争议。
毛泽东对李卓吾给予较高评价，他把他归属“法家”，在他嘱印的“大字本”古籍“法家著作”26篇中，还特别指示收入李卓吾。在评价共和国元帅叶剑英时，毛泽东甚至直接引用李卓吾自联句：“诸葛一生惟谨慎，吕端大事不糊涂。”现代人对李卓吾的评价越来越客观，很多人都在研究李卓吾，但也大多流于史料考证，要对李卓吾思想做出真正客观公正的评价，还必须从哲学根本上深刻剖析。
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